Trong điều kiện chiến tranh ngày càng lan rộng với mức độ gay go ác liệt hơn, nhiệm vụ kháng chiến càng đòi hỏi phải động viên toàn thể nông dân tham gia trên tất cả các mặt trận. Đảng và Nhà nước ta chủ trương thành lập Ban Nông vận Trung ương, kiện toàn tổ chức ở cấp Trung ương.
Ngày 06/8/1949, Ban Chấp hành Trung ương Đảng đã ra Nghị quyết số 02 – NQ/TW về việc thành lập Ban Nông vận Trung ương, gồm 6 đồng chí: Hồ Viết Thắng - Ủy viên Trung ương Đảng làm Trưởng ban, Nguyễn Hữu Thái, Nguyễn Mạnh Hồng, Phạm Xuân Di, Trương Việt Hùng, Trần Đào.
Với nhiệm vụ của Ban Nông vận Trung ương là vận động nông dân: tăng gia sản xuất, tự cấp tự túc, nuôi dưỡng bộ đội, xây dựng hợp tác xã, hoàn thành giảm tô, thực hiện giảm tức, đào tạo cán bộ và thanh toán nạn mù chữ. Thực hiện chủ trương trên Ban Nông vận Trung ương đã tổ chức Hội nghị cán bộ nông dân toàn quốc lần thứ nhất họp từ ngày 28/11 – 07/01/1949 tại thôn Phong Vân, xã Tân Tiến (Yên Sơn - Tuyên Quang). Dự Hội nghị có đông đảo cán bộ đại diện cho tổ chức Hội Nông dân ba miền Bắc, Trung, Nam. Hội nghị đã tập trung kiểm điểm, đánh giá ưu, khuyết điểm của tổ chức Hội, phong trào nông dân, đặc biệt là đánh giá vai trò của tổ chức và hoạt động của phong trào nông dân từ khi cuộc kháng chiến toàn quốc bùng nổ.
Trong thư gửi Hội nghị, Chủ tịch Hồ Chí Minh đánh giá cao vị trí, vai trò và tiềm lực lớn lao của giai cấp nông dân cả nước trong đấu tranh giành chính quyền và sự nghiệp kháng chiến. Hội nghị đã nhất trí thành lập Hội Nông dân cứu quốc Trung ương (sau đổi tên là Ban Liên lạc Nông dân toàn quốc).
Lần đầu tiên trong lịch sử phong trào nông dân và Hội Nông dân Việt Nam, giai cấp nông dân có một tổ chức Hội ở cấp Trung ương, đáp ứng nguyện vọng của nông dân cả nước.
Ngày 16/4/1951 Ban Chấp hành Trung ương Đảng ban hành Nghị quyết số 09 – NQ/TW về “Thành lập các ban và tiểu ban giúp việc”, trong đó có Tiểu ban Nông vận gồm có 8 đồng chí: Hồ Viết Thắng, Ủy viên Trung ương Đảng làm Trưởng ban và các đồng chí Trương Việt Hùng, Nguyễn Hữu Thái, Trần Đức Thịnh, Phạm Xuân Dy, Nguyễn Mạnh Hồng, Nguyễn Ca, Trần Đào.
Phong trào nông dân từ sau Hội nghị toàn quốc lần thứ Nhất có bước phát triển mới, toàn diện và rất mạnh mẽ. Để tiếp tục đánh giá phong trào nông dân và tổ chức Hội Nông dân. Ban Liên lạc nông dân toàn quốc quyết định triệu tập Hội nghị cán bộ nông dân toàn quốc lần thứ Hai, tháng 5/1951, tại thôn Đồng Quắc, xã Bình Nhân (Chiêm Hoá - Tuyên Quang). Dự Hội nghị có hơn 100 đại biểu đại diện cho giai cấp nông dân cả nước. Hội nghị đánh giá phong trào nông dân, hoạt động của tổ chức Hội và quán triệt nhiệm vụ Hội Nông dân trước yêu cầu nhiệm vụ đưa cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp tới toàn thắng. Đồng chí Trường Chinh, Tổng Bí thư Ban Chấp hành Trung ương Đảng tới dự và phát biểu trước Hội nghị. Đồng chí Tổng Bí thư dành nhiều thời gian nói về Chính cương của Đảng, quan điểm của Đảng đối với nông dân và chính sách ruộng đất. Hội nghị đã tập trung quán triệt những nhiệm vụ mới của Đảng để lãnh đạo, chỉ đạo phong trào nông dân và xây dựng tổ chức Hội đáp ứng với những yêu cầu trước mắt.
Ngày 08/3/1956, Ban Bí thư ban hành Nghị quyết số 05 – NQ/TW về “Thành lập Ban Công tác nông thôn của Đảng”, lãnh đạo Ban Công tác nông thôn, gồm Trưởng ban là các đồng chí Hồ Viết Thắng, Ủy viên Trung ương Đảng (4/1956 – 10/1956); các đồng chí Phó Trưởng ban: Nguyễn Mạnh Hồng, Nguyễn Hữu Khiếu, Trần Đức Thịnh; các đồng chí Ủy viên: Nguyễn Hữu Thái, Trương Việt Hùng, Phạm Xuân Di, Trần Đào, Nguyễn Ca.
Ở miền Bắc
Với tinh thần ''Tất cả cho tiền tuyến, tất cả để chiến thắng'', nông dân đã hăng hái tham gia "Phong trào thi đua ái quốc sản xuất lập công đề cao chiến sĩ'' do Đảng và Chính phủ phát động. Các cấp Hội nông dân đã tập trung vận động thực hiện các phong trào, như: xây dựng “Cánh đồng 5 tấn”, “Thóc không thiếu một cân, quân không thiếu một người”, phong trào thanh niên nông thôn lên đương tòng quân giết giặc, bảo vệ Tổ quốc…
Hội Nông dân trong các vùng địch tạm chiếm đã tiến hành nhiều hình thức đấu tranh như bám ruộng đất, làng xóm để sản xuất; lên án hành động bắn phá, đốt hoa màu của địch; tranh thủ sản xuất, thu hoạch và cất dấu lương thực, thực phẩm ở vùng địch hậu trong cả nước để đảm bảo được nhu cầu của nhân dân mà còn đóng góp cho Nhà nước, phục vụ sự nghiệp kháng chiến.
Phong trào cách mạng của giai cấp nông dân và Hội Nông dân đã đóng góp phần quan trọng vào thắng lợi của các chiến dịch. Chiến thắng lịch sử Điện Biên phủ, ngày 07/5/1954 và thắng lợi của Hội nghị Giơnevơ, ngày 20/7/1954 về Đông Dương mở ra một thời kỳ mới của cách mạng Việt Nam. Hoà bình được lập lại ở Đông Dương, miền Bắc hoàn toàn giải phóng, bước vào thời kỳ quá độ, tiến lên chủ nghĩa xã hội.