Được đế quốc Mỹ giúp sức, chính quyền Ngô Đình Diệm đã trắng trợn vi phạm Hiệp định Giơnevơ và tập trung sức củng cố bộ máy thống trị phản động. đẩy mạnh việc xây dựng quân đội ngụy làm lực lượng xung kích chống cộng và đàn áp nhân dân. Thực hiện chủ trương chuyển hướng đấu tranh của Đảng và Chính phủ, dưới sự lãnh đạo của các tổ chức Đảng ở nông thôn miền Nam, Nông hội vừa tích cực tổ chức, vận động nông dân chuẩn bị đấu tranh lâu dài, vừa khẩn trương tranh thủ thời gian trước khi bàn giao các địa bàn cho đối phương để củng cố sản xuất, ổn định đời sống. Nam Bộ và khu V tiếp tục đẩy mạnh việc chia cấp ruộng đất cho nông thôn nâng tổng số ruộng đất chia cho đồng bào lên 750.000ha cho 1.299.000 hộ nông dân.

Phong trào đấu tranh chính trị của nông dân miền Nam diễn ra hết sức mạnh mẽ, quyết liệt. Các làng, xã chiến đấu được hình thành và phát triển.

Ngày 20/12/1960, Đại hội đại biểu quốc dân miền Nam đã họp tại căn cứ Bắc Tây Ninh, tuyên bố thành lập Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam.

Ngày 21/4/1961, Hội Nông dân giải phóng miền Nam Việt Nam chính thức được thành lập và là thành viên của Mặt trận Dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam. Sự ra đời của Hội là một mốc lịch sử đánh dấu sự phát triển của tổ chức nông dân, mà trên thực tế hàng ngàn cơ sở Nông hội cứu quốc ở các khu, tỉnh, huyện, xã đã được phục hồi trong thời gian Đồng khởi.

Để phát huy những thành quả đạt được sau 5 năm hoạt động, tháng 01/1965 Đại hội lần thứ Nhất của Hội Nông dân Giải phóng miền Nam được khai mạc. Đại hội đã đánh giá tình hình họat động của Hội từ khi ra đời và quán triệt yêu cầu nhiệm vụ mới của nông dân trong đấu tranh chống kế hoạch bình định nông thôn của ngụy quyền Sài Gòn. Đại hội đã biểu dương những thành tích to lớn của nông dân miền Nam trong việc phát triển thế trận chiến tranh  nhân dân và chiến tranh du kích, đánh địch bảo vệ vùng giải phóng, vùng căn cứ cách mạng và là lực lượng chủ yếu trên mặt trận sản xuất, bảo đảm đời sống và cung cấp hậu cần cho bộ đội ở tiền phương đánh giặc.

Qua Đại hội I, Hội Nông dân Giải phóng miền Nam, phong trào của Hội tiếp tục được phát triển mạnh mẽ cả về số lượng và chất lượng. Lúc này bộ máy tổ chức của Hội Nông dân Giải phóng miền Nam đã hình thành theo 5 cấp: Miền, Khu, Tỉnh, Huyện và Xã. Xã là tổ chức cơ sở của Hội, xã có Ban chấp hành, dưới xã có Ban cán sự thôn, ấp và tiểu tổ Hội. Bộ máy của Hội được củng cố từ Xã lên Huyện, Tỉnh và Khu.

Tháng 7/1965 Hội Nông dân giải phóng miền Nam đã ban hành dự thảo Điều lệ hoạt động của Hội nhằm tiếp tục mở rộng hoạt động của các cấp Hội cơ sở, phát triển hội viên và động viên nông dân phát huy vai trò tích cực của mình trong sự nghiệp kháng chiến chống Mỹ, cứu nước.

Tháng 1/1969, Hội Nông dân giải phóng miền Nam Việt Nam đã tiến hành Đại hội lần thứ II, nhằm tổng kết phong trào đấu tranh của nông dân trong tám năm, đồng thời quán triệt yêu cầu và nhiệm vụ mới của nông dân trong đấu tranh chống kế hoạch ''Bình định cấp tốc'' của địch. Đại hội đã biểu dương những thành tích to lớn của nông dân miền Nam trong việc phát triển thế trận chiến tranh du kích, đánh địch, bảo vệ vùng giải phóng, vùng căn cứ và là lực lượng chủ yếu trên mặt trận sản xuất, bảo đảm đời sống và cung cấp hậu cần cho bộ đội. Hội tập trung vận động, tuyên truyền nông dân thực hiện đúng đường lối kháng chiến chống Mỹ cứu nước của Đảng.

Thực hiện chủ trương của Đảng, lấy địa bàn nông thôn làm hướng tiến công chính, đánh mạnh vào kế hoạch “Bình định cấp tốc” của địch, giữ đất, giành dân, Hội Nông dân đã chủ động giáo dục hội viên khắc phục tư tưởng nôn nóng, thoát ly thực tế muốn thắng nhanh, đồng thời vạch rõ nhiệm vụ quan trọng nhất ở nông thôn là phải ''giành dân, giành đất, phát triển thế và lực của ta". Nông dân liên tục nổi dậy phá rã, phá banh nhiều khu dồn dân, phá thế kìm kẹp, giành quyền làm chủ trên nhiều địa bàn quan trọng. Vùng giải phóng đã mở rộng tới sát Sài Gòn.Ở đồng bằng Nam Bộ, nông dân nổi dậy mở thêm nhiều vùng, nhiều lõm giải phóng, nối các vùng giải phóng thành thế liên hoàn liên xã, liên huyện.

Thắng lợi của phong trào nông dân nổi dậy và cuộc tiến công chiến lược Xuân - Hè 1972 đã làm chuyển biến căn bản cục diện chiến tranh ở miền Nam và tiến tới "Tổng tấn công" mùa Xuân năm 1975 giành trọn vẹn thắng lợi, đất nước thống nhất, Nam - Bắc sum họp một nhà.

Từ ngày miền Nam được hoàn toàn giải phóng, Nông hội đã phát triển đều khắp, tích cực vận động nông dân thi hành chính sách của Đảng và Nhà nước ở nông thôn, góp phần đẩy mạnh phong trào thủy lợi, phát triển sản xuất, làm nghĩa vụ đối với Nhà nước, tăng cường đoàn kết trong nông dân, xây dựng chính quyền, giữ gìn an ninh chính trị, trật tự xã hội ở nông thôn. Tuy nhiên, công tác Nông hội có nơi chưa có chuyển biến mạnh mẽ gắn liền với nhiệm vụ cải tạo và phát triển nông nghiệp theo hướng sản xuất lớn xã hội chủ nghĩa. Các cấp ủy chưa chú trọng xây dựng tổ chức Nông hội và chưa chỉ đạo thật chặt chẽ công tác Nông hội. Thực hiện Nghị quyết Đại hội IV của Đảng và Nghị quyết Hội nghị lần thứ Hai (khóa IV) của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, ngày 12/12/1977, Ban Bí thư đã ra Chỉ thị số 24 – CT/TW về việc Tăng cường công tác Nông hội ở các tỉnh miền Nam.